Résumé du film

Dans un futur lointain, les planètes sont désormais reliées par un gigantesque réseau ferroviaire galactique. Le Galaxy Express 999 s'est écrasé sur une planète mystérieuse. À son bord se trouvent le Conducteur, Killian, Maetel et Tetsuro, un gamin des rues de dix ans au cœur d'or. C'est désormais au SDF Sirius Platoon de les secourir avant que le Herise Time Mystery, une faille dans l'axe profond du temps et de l'espace, ne se répète.