Résumé du film

En tentant d'échapper à une horde de sentinelles, les occupants de l'Osiris découvrent que des centaines de milliers de machines sont regroupées à quatre kilomètres au-dessus de Zion et qu'une gigantesque foreuse est en action afin de leur permettre d'envahir le dernier refuge des êtres humains qui ont échappés à la Matrice. Il leur faut absolument prévenir Zion du danger. Thadeus décide alors de connecter Jue, sa compagne, à la Matrice afin qu'elle y dépose un paquet contenant tous les détails et les relevés effectués par l'Osiris avant sa destruction.