"Mewtwo is back in a battle against his greatest opponent!"

Résumé du film

Cet épisode se déroule avant que Mewtwo ne rencontre Sacha et ses amis dans Genesect et l'éveil de la légende. L'incroyable vitesse et la capacité de combat de Méga-Mewtwo Y sont pour la première fois révélées, mais pas son nom réel. Possédant une incroyable puissance, il souhaite ne pas croiser les chemins des humains et des Pokémon.