Résumé du film

1661, l’Assemblée du Clergé de France oblige tous les ecclésiastiques à signer un formulaire témoignant de leur soumission aux décisions du Saint siège. En 1664, l’Archevêque de Paris veut imposer cette décision aux religieuses de Port-Royal. Parmi elles, figure Sœur Angélique de Saint Jean, admirée par la toute jeune Sœur Françoise qui cherche auprès d’elle du réconfort. Parce qu’elle a décidé de se soumettre aux autorités religieuses et temporelles, Sœur Flavie a dénoncé les futures proscrites. Sœur Angélique décide alors de quitter le couvent et conclut : « La nuit passera et la vérité de Dieu demeurera éternellement, et délivra tous ceux qui ne veulent être sauvés que par elle »…